Первый сейф находится на уровне "Эль Син Номбре". Как только нам дадут свободно передвигаться, выходим на улице и ищем как залезть на крышу и нужно попасть на второй этаж, ищем подсобку с синими дверями, там будет сейф. Код от сейфа: 02-02-19
Второй сейф находится на уровне "В одиночку". По прохождению попадём в кофейню, слева будет закрытая дверь, ломаем её, там сейф. Код от сейфа: 10-10-80
Третий сейф находится на том же уровне "В одиночку", но уже дальше по прохождению в гараже, ищем там небольшой кабинет. Там будет сейф. Код от сейфа: 37-60-80
Видеогайд (en).

Миссия 11 Эль Син Номбре: код от сейфа 02 02 19
Миссия 13 В одиночку: код от сейфа 10 10 18
Миссия 13 В одиночку: код от сейфа 37 60 80
Можно сразу выходить когда открыли сейф
Видеогайд (en).

Ко всему прочему, нет необходимости собирать все сейфы в нужном порядке за одно прохождение. Лично я собрал 2 и 3 сначала, потом через выбор глав выбрал миссию с 1 сейфом и троф засчитали (при этом смена сложности игры на получения трофея не влияет).