Для улучшения оружия понадобятся расходники которые можно получить с убитых противников и из ящиков добротно разбросанных по старейшему дому. Также обращайте внимания на картины с проломленой стеной, если в стену за картиной пару раз ударить или бросить предмет, то она сломается и за ней будет пара ящиков.

Часть ресурсов падает только с боссов в доп. миссиях, соответственно дополнительные улучшения появляются только при выпадении данных ресурсов. Эти боссы: Формер, Исседж, Томасси, Плесень-1, Якорь

Доступ к прокачке до 3 уровня появится примерно после половины пройденного сюжета. до этого опция пропадает из меню пока не наступит ее час пишу т.к. начал переживать что багануло и пришлось понервничать что прийдется переигрывать

Вероятно глючный трофей.

Прошел историю, все побочные миссии, получил все трофеи кроме этого. но в "астральные конструкты" пропали опции прокачки оружия, после того как улучшил все до второго уровня.

На powerpyx есть пару комментариев людей, которые тоже столкнулись с этим.
Похоже надо либо ждать патча, либо сносить сейвы и начинать "новую игру".

Исправлено в сентябрьском обновлении.

За всю игру вы на прокачаете все оружия ещё до завершения сюжетки.