Чтобы не портить отношения с минитменами, можно просто захватывать пустые поселения, которые вы нашли и зачистили, но никого не заселили. По прибытии к группе, они скажут, что поселение пустое и убивать некого. Но череп все равно появится на карте

Бред полнейший. Отношения с минитменами портятся ровно в тот момент, когда вы создаете на верстаке флаг одной из рейдерских банд и устанавливаете его в поселении. Как ни крути, даже если воспользоваться способом в этой подсказке, флаг все равно придется установить для продвижения по квесту и отношения с минитменами будут испорчены.