Большинство программ покупается, остальные дарят по квестам

Неверно. Programs Pod также разбросаны по карте во время третьего прохождения.
Pod Programs - это навыки в игре, которые актируется кнопкой (LB). Большая часть приобретается в магазине, но другая часть программ получаете в качестве награды за квест или находите на карте.
Список Программ, которые не доступны в магазине:
A080: Wave - награда за квест The Wandering Couple;
A090: Wire - награда за квест Amnesia;
A100: Decoy - во время 3-го прохождения на крыше дома, где начинается основная игра;
A110: Slow - награда за квест Data Analysis Freak 2;
A120: Repair - награда за квест Sorting Trouble 3;
A130: Bomb - награда за квест Find a Present;
A140: Gravity - награда за квест Retrieve the Confidential Intel;
A150: Volt - во время 3-го прохождения в Парке развлечения, где находится танк;
A160: Missile - во время 3-го прохождения на Заброшенном Заводе на крыше контейнера;
A170: Scanner - награда за квест Redheads.