Нужно собрать все волны, документы, носители и очки улучшения.

100% - это именно взятие всех предметов и изучения всех документов. Для достижения не требуется получать достижения игры. Ачивка касается только собирательных элементов игры.
Добавлю видео с гайдом по сбору всего.

Дополню поскольку не понимал почему не дают ачивку
Вы можете собрать все записки предметы , в различных выборах , все миссии будут закрыты на 100% , а игра пройдена на 96% , так вот если вы прошли игру и собрали все записки , и при этом у вас был выбор в 3ей развилке на Софию , то поменяйте его на Хэтча и перепройдите финальную главу 5-3 , тогда после титров появится альтернативная концовка по которой и дают эти 4% и ачивку (титры не скипал на всякий случай)