Все трофеи которые связаны с заключением с союзов с фракциями сюжетные, но есть одно НО. Есть враждующие фракции и заключение союза, закрывает возможность создания союза с другой. Например Vory, не захотят с вами сотрудничать если вы в союзе с Noctis, как и повстанцы не буду иметь с вами общего, если вы уже вместе с армией. Если вы хотите получить все 4 трофея за одно прохождение, нужно сделать сохранение в начале квеста "The harder they fall", когда вам потребуется заключать союзы с фракциями.
P.S. Мной не проверено, но вполне может быть, что если с фракцией плохая репутация, то объединится с ними не получится! Так что при прохождении старайтесь держать репутацию с фракциями - Good. По крайней мере у меня со всеми была хорошая репа и проблем с союзами не возникло.