В получении трофея отлично помогает Trouble Finder.
Это такая вещичка, которую можно купить у Bob Utsunomiya за 4 CP (Completion Points). Боб находится у арки на Tenkaichi Street (самый левый нижний угол карты).
Trouble Finder покажет на карте каждую substory, которую вы ещё не прошли (Иконка восклицательного знака). Помните, что некоторые дополнительные истории доступны только днем или же, наоборот, ночью.

Лично я советую особо не волноваться по поводу этого трофея до самого конца игры. Так как уже после прохождения открывается Premium Adventure. Фактически это режим, в котором вы сможете свободно ходить по улицам Камурочо, менять одежду, время суток и т.д.
Вот там уже и выполняйте все незавершенные substory. Желаю вам терпения

Человеческий подробный гайд по дополнительным квестам.