Игра состоит из Пролога, 38 сюжетных миссий и 12 миссий повторов с повышенным уровнем сложности.
Вот полный список всех миссий:

Пролог. Пробуждение
Эпизод 1. Фантомные конечности
Эпизод 2. Алмазные псы (Diamond Dogs)
Эпизод 3. Путь героя
Эпизод 4. Информационная война (C2W)
Эпизод 5. За оградой
Эпизод 6. Где находится «Жало»?
Эпизод 7. Кровавая медь
Эпизод 8. Оккупационные силы
Эпизод 9. Помощь и отход
Эпизод 10. Ангел со сломанными крыльями
Эпизод 11. Окруженная тишиной
Эпизод 12. Дорога в Ад
Эпизод 13. Непроглядная тьма
Эпизод 14. Общий язык
Эпизод 15. Следы призраков
Эпизод 16. Караван предателей
Эпизод 17. Спасение разведчиков
Эпизод 18. Узы крови
Эпизод 19. По следу
Эпизод 20. Голоса
Эпизод 21. Военная экономика
Эпизод 22. Освобождение платформы
Эпизод 23. Белая Мамба
Эпизод 24. Близкий контакт
Эпизод 25. Верная рука мстителя
Эпизод 26. Охота
Эпизод 27. Коренная причина
Эпизод 28. Code Talker
Эпизод 29. Металлические археи
Эпизод 30. Череп
Эпизод 31. Сахелантроп
Эпизод 32. Слишком много знаний
Эпизод 33. Информационная война (Автономность)
Эпизод 34. Помощь и отход (Экстрим)
Эпизод 35. Проклятое наследство
Эпизод 36. Следы призраков (Невидимка)
Эпизод 37. Караван предателей (Экстрим)
Эпизод 38. Необычный феномен
Эпизод 39. За оградой (Невидимка)
Эпизод 40. Окружённая тишиной (Экстрим)
Эпизод 41. Война чужими руками
Эпизод 42. Металлические археи (Экстрим)
Эпизод 43. Неугасаемый свет
Эпизод 44. Непроглядная тьма (Невидимка)
Эпизод 45. Безмолвный выход
Эпизод 46. Правда: человек, продавший мир
Эпизод 47. Военная экономика (Невидимка)
Эпизод 48. Code Talker (Экстрим)
Эпизод 49. Оккупационные силы (Автономность)
Эпизод 50. Сахелантроп (Экстрим)

Эпизод 42. Металлические археи (Экстрим).
На Экстриме за 2 минуты ранг S.
Видеогайд.

Если возникли сложности на "Эпизод 50. Сахелантроп (Экстрим)", берем Hail MGR-4, F8 MR R-Launcher и бандану с бесконечными патронами.
Видеогайд.