Четки лежат на алтарях в святилищах рядом с очищенными вратами тории. На миникарте при наведении на очищенные врата будет инфромация о четках - горит белым - не взяли, серым - уже забрали. Последние дадут после завершения сюжета.

Есть одни врата "Святилище Хирокава" в левом углу карты, которое откроете в главе 3. Так вот все собираемые четки лежат прям за воротами, а в этом святилище чуть дальше ворот после подъёма к храму с правой стороны. Их легко пропустить, но можно собрать после завершения сюжета

Четки можно отыскать в святилищах тори, получить в некомате за сдачу реликвий, а также они выдаются за завершение игры со 100% сдачей духов.

3 четок сокрыто за завершением сюжета, 1 за простое прохождение и 2 других за прохождение сос 100% переданными духами

Отчистил Врата = получил четки. Наводите курсор на Врата Тории, в списке увидите какие чётки в каком святилище.
Проходишь игру получаешь ещё 3 шт.