Когда найдёте её, то выйдет сообщение - "рядом с вами мифическое животное" и на карте появляется синий круг.
Место появления её не фиксированное, но 100% на востоке Мексики. Потратил примерно 3 часа, пока не появилась она.
В моём случае, она была прям напротив Каса-Мадругады, недалеко от ЖД путей.

Поймать Чупакабру - задание 5 уровня испытания охотника. Не рекомендую искать её раньше, чем дойдете до этого уровня испытания.
Я нашла её выше Лас-Эрманас в месте, отмеченном красным кругом на скрине ниже.